A beállításokat egy parancssori segédprogrammal tudjuk elvégezni, amelynek neve CHKNTFS és a %systemroot%\system32 mappában található. Nevével ellentétben nem csak az NTFS, hanem a FAT, FAT32 fájlrendszereket is kezeli. Tulajdonképpen nem önmagában végzi el az ellenőrzést, mert ez a CHKDSK program feladata, hanem csak a végrehajtás szabályozásába szól bele. Futtatásához rendszergazdai jogosultságra van szükség. A Windows minden rendszerindítás alkalmával futtatja a CHKDSK-t, ha a kötet nem konzisztens. Honnan tudja, hogy az-e? Szabályos leállás vagy újraindítás alkalmával törlődik a dirty bit nevezetű kapcsoló. Ha rendellenes leállás következett be (például áramszünet vagy hardverhiba miatt), akkor a bit állapota nem kerül átállításra. Indulásnál tehát nem kell mást tenni, mint ellenőrizni az állapotot és szükség szerint futtatni a fájlrendszer integritás ellenőrzést az összes köteten.
Indítsunk el egy parancssori ablakot (WIN+R > cmd) és paraméterek nélkül írjuk be:
Ezzel a C:\ köteten ellenőrizzük a dirty bit állapotát. Ha minden rendben van "A meghajtó (c:) állapota konzisztens" ("C: is not dirty") felírat és a fájlrendszer típusa jelenik meg. Probléma esetén figyelmeztető üzenetet kapunk. Ilyenkor a hibát az alábbi módon lehet javítani:
Tegyük fel, hogy egy kötet állapota nem konzisztens az operációs rendszer indításakor. Ilyenkor grafikus felületen megjelenik egy karakteres emulált ablak és elindul 10 másodperctől egy visszaszámlálás. Amíg el nem éri a nullát lehetőségünk nyílik megszakítani az ellenőrzést. Ha elérte, akkor már nem lehet leállítani. Az időtartam 20 másodpercre növeléséhez a következő utasítást kell kiadni:
Visszajelzést a végrehajtás sikerességéről nem kapunk, de a beállítás lekérdezésére van mód:
Hiába van egy köteten beállítva a fájlellenőrzés szükségessége, a beállítást felül lehet bírálni a /x kapcsolóval és a kötet betűjelének megadásával.
Példánkban nem fog futni a CHKDSK a C:\ köteten még akkor sem, ha rendellenes leállás történt.
Több köteten is alkalmazható a parancs egyszerre.
Ezzel ellentétben az ellenőrzés ki is kényszeríthető a /c kapcsolóval és utána a kötetnév megadásával (ha a dirty bit be van kapcsolva).
Az alapértelmezések visszaállításához - tehát ha a be van állítva a dirty bit, akkor ellenőrizze az összes köteten a fájlrendszereket - használhatjuk a /d kapcsolót.
A visszaszámlálási idő beállításai nem módosulnak.